Audyt wewnętrzny bezpieczeństwa jest wykonywany po to aby sprawdzić dwa elementy. Przed wszystkim czy nasz firmowy system bezpieczeństwa wypełnia wymogi i standardy systemu GMP+, a także czy został on w sposób prawidłowy i skuteczny wdrożony w działanie firmy. Taki audyt wykonuje się zazwyczaj raz w roku, jednak nie jest on robiony z zaskoczenia, a jedynie na zasadzie własnej kontroli. Do takiej kontroli trzeba się odpowiednio wcześniej przygotować, aby można było sprawdzić funkcjonowanie całego systemu podczas wszystkich jego etapach. Bierzemy, analizujemy oraz porównujemy wyniki z poprzednich audytów, które się odbyły, i uwzględniamy to porównanie również w kolejnym nowym raporcie. Wcześniej jednak naszym podstawowym zadaniem, aby przeprowadzić audyt jest określenie z góry jakie ma być jego zakres, metodologia czy częstotliwość. Najlepiej ująć to jak najdokładniej aby nie przeoczyć żadnego z istotnych elementów.

To, że audyt powinien być jak najbardziej obiektywny jest oczywiście rzeczą podstawową i nie ulega wątpliwości. Nie można oczywiście kontrolować samego siebie, wiec obszar ich działalności powinien skontrolować ktoś inny. W raporcie z audytu umieszcza się wszelkie niezbędna informacje. Powinny więc się w nim znaleźć zakresy obowiązków i odpowiedzialności kadry zarządzającej. Audyt to również cala procedura, dlatego jej zakres, przebieg oraz późniejszy raport z kontroli powinien być również odpowiednio wcześniej określony.

Wyniki z tego powinny być przedstawione podczas wcześniej ustalonej procedury. Wszystkie dane dotyczące całego procesu są zbierane, a następnie dokładnie analizowane. Na tej podstawie ocenia się efektywność systemu bezpieczeństwa pasz oraz ewentualne większe możliwości i oceny na ile wchodziłoby to w grę. Wszystkie elementy proces podlegają dokładnej weryfikacja, na podstawie której wystawia się ocenę. Ma ona zwierać przede wszystkim dane z monitoringów, starych i nowych audytów oraz jakichkolwiek innych źródeł mogących mieć istotny wpływ na ocenę procesu.